MINISYS verfügt über weitreichende Sicherheitsmechanismen während der Laufzeit. So wird ausnahmslos jede datentangierende Abfrage von MINISYS auf Zulässigkeit geprüft. Die Einführung der s.g. DAPI's (Tages-Pins) und der IP-Protection sichert das System optimal ab.
MINISYS stützt sich auf eine der sichersten Datenbanken überhaupt. Die GT.M Datenbanken sind extrem robust und sicher. Zusätzlich kann MINISYS noch angewiesen werden, in regelmäßigen Abständen ein vollständiges Datenbank unabhängiges Backup anzufertigen.
MINISYS kann problemlos mit einer speziell aufbereiteten LiveCD betrieben werden. Sollte auf Grund eines Hardware Defektes ein PC nicht mehr zur Verfügung stehen, so kann diese Aufgabe von einem Ersatzsystem innerhalb weniger Augenblicke übernommen werden.